生物设计与过程工程中心由生物系统与生物加工工程研究室和生物过程控制研究室组成，是国内最早从事生物转化过程优化研究的单位之一。

中心以国家需求和学科发展为导向，重点研究重要微生物代谢产物的发酵过程优化技术、实现纺织工业清洁生产的酶制剂群的制备技术、有机废弃物资/能源化技术、高浓度难降解有机废水的组合处理系统和反应器的设计与放大等。同时，在对微生物代谢网络从分子和细胞水平认知的基础上，进行基于代谢工程和智能工程的新式、集约型发酵过程控制的工程化应用研究，研究工程因素对发酵过程的影响及控制策略，建立发酵过程优化及控制技术和相应的信息化技术。

目前，中心已形成院士、教授在内的10余人的科研创新团队，缘于求真务实、勇于创新的科学原则，承担多项包括“973”、“863”、国家自然科学基金、国家支撑计划、国际合作计划等国家级、省部级项目。在国内外生物工程类主流学术刊物上发表学术论文近400篇，其中SCI论文160余篇。申请专利70余项，获得授权发明专利30余项。广泛参与国内外学术交流，积极致力于科研成果产业化。

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